Das gFFZ wird laut Kooperationsvertrag von einer Geschäftsführerin  geleitet, die von der Fachlichen Leitung  unterstützt wird. Letzterer gehören Mitglieder aller beteiligten Partnerhochschulen an.

Die Geschäftsstelle des gFFZ ist mit einer Wissenschaftlichen Koordinatorin, Wissenschaftlichen Mitarbeiter*innen  und Wissenschaftlichen Hilfskräften  besetzt.