Anfang 2001 wurde das gFFZ als Verbundprojekt hessischer Fachhochschulen von Professor*innen des heutigen Fachbereichs Soziale Arbeit und Gesundheit der Fachhochschule Frankfurt am Main und Professor*innen anderer hessischer Fachhochschulen gegründet.

Bis Ende des Jahres 2006 wurde es von den beteiligten Fachhochschulen und aus dem Hochschul- und Wissenschaftsprogramm (HWP), Fachprogramm "Förderung der Chancengleichheit für Frauen in Forschung und Lehre" des Landes Hessen finanziert. Mit dem Auslaufen des Programms Ende 2006 beschlossen die verbliebenen beteiligten Hochschulen, das gFFZ weiter zu finanzieren und sich die Kosten ab 2007 zu teilen. Dazu gehörten die Frankfurt University of Applied Sciences (vormals Fachhochschule Frankfurt am Main), die Hochschulen Darmstadt, Fulda und RheinMain (vormals Fachhochschule Wiesbaden) sowie die Evangelische Hochschule Darmstadt. Die ursprünglich beteiligte Fachhochschule Gießen-Friedberg (heute Technische Hochschule Mittelhessen) war zunächst zum 31.12.2004 aus dem Vertrag ausgeschieden, ist ihm aber mit dem 01.01.2010 wieder beigetreten.

Rechtliche Grundlage des gFFZ ist ein Kooperationsvertrag, den die Präsidien der beteiligten fünf hessischen Hochschulen für angewandte Wissenschaften am 17.09.2001 unterzeichnet haben. Mit einem Änderungs- und Ergänzungsvertrag vom 03.07.2006 wurde die Vertragslaufzeit auf unbestimmte Zeit verlängert.